衣原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。男性感染衣原体时，约有50%的人会出现尿道不适、刺痛，尿道分泌物增多且较稀薄，晨起时可能会有“糊口”现象，少数人还可能伴有尿频、尿急等症状；女性感染衣原体后，宫颈是常见的感染部位，多数人无明显症状，部分人会出现阴道分泌物增多、性交后出血等，也可能有尿道不适、尿频等表现。
泌尿生殖系统感染症状
男性泌尿生殖系统：除了上述尿道的不适表现，严重时可能会引起附睾炎，表现为阴囊部位疼痛、肿胀，触摸时疼痛明显，部分人还可能伴有发热等全身症状。女性泌尿生殖系统：除了宫颈及尿道症状外，若感染上行至盆腔，可能引发盆腔炎，出现下腹部疼痛、阴道异常出血等症状，严重的盆腔炎可能会影响生育，导致输卵管粘连、堵塞等情况。
眼部感染症状
沙眼衣原体感染眼部：可引起沙眼，早期表现为眼睛瘙痒、有异物感、流泪，随着病情发展，可能出现眼睑红肿、结膜充血、乳头增生等，若不及时治疗，可能会导致眼睑内翻、倒睫，进而损伤角膜，影响视力。
呼吸道感染症状
肺炎衣原体感染呼吸道：儿童感染后多表现为轻症，如咳嗽，一般为干咳或少量白痰，可持续数周，部分人可能伴有发热、咽痛等，而成年人感染后症状相对多样，除咳嗽外，可能有头痛、声音嘶哑等表现。