男性衣原体感染后，不同部位感染症状有所不同。男性衣原体感染常见症状中，尿道感染较为典型，约1-3周左右可能出现症状，初期可能尿道刺痒，伴有轻重不一的尿频、尿急、尿痛，有时尿道外口会有少量稀薄的黏液性分泌物。
尿道感染症状表现
尿道刺痒： 患者会感觉尿道内有轻微的瘙痒感，这种瘙痒程度因人而异，有些人可能较轻微，不太容易察觉，而有些人可能相对明显一些。分泌物情况： 晨起时可能会发现尿道口有少量稀薄的黏液性分泌物，将内裤晨起后可能会看到有少量痕迹，分泌物量一般不多，但如果病情发展，分泌物可能会增多变黏稠。
生殖系统感染症状
附睾炎： 感染可能蔓延至附睾，引起附睾炎，表现为附睾部位疼痛、肿胀，触摸时疼痛明显，严重时阴囊皮肤也可能出现红肿现象，影响正常的行走和活动。前列腺炎： 部分男性衣原体感染可能引发前列腺炎，出现会阴部坠胀不适、尿频、尿急等类似前列腺炎的症状，但与细菌性前列腺炎又有所不同，症状相对可能没有那么典型和剧烈。
其他可能伴随症状
全身症状： 少数人可能会出现低热、乏力等全身症状，但一般不太严重，多数人主要还是以局部的尿道及生殖系统症状为主。不过如果感染扩散，全身症状可能会相对明显一些，但这种情况相对较少见。