灰趾甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来处理。通常外用药物治疗周期相对较长，而口服抗真菌药物见效更快些，但需要注意药物的适用情况等。
外用药物治疗
局部涂抹药膏：可以使用阿莫罗芬搽剂，它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。一般每周使用1 - 2次，坚持使用几个月可能会有效果，但要注意涂抹时需先将病甲尽量刮薄，不过儿童不建议优先使用这类外用强渗透药物。浸泡药物：如30%冰醋酸溶液，患者可以将病甲浸泡在其中，每天浸泡1 - 2次，每次15 - 30分钟，不过这个过程比较漫长，而且要注意避免药液接触到周围正常皮肤。
口服药物治疗
常用口服药：伊曲康唑是一种常用的抗真菌口服药，它可以干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜合成。不过肝功能异常者不适合使用伊曲康唑，而且一般需要采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，通常需要2 - 3个疗程。特比萘芬：也是抗真菌口服药，它能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成。一般成人服用剂量相对固定，但孕妇和哺乳期女性禁用，而且服用期间要定期监测肝功能。
手术治疗
病甲清除术：对于病情较轻的患者，可以采用手术拔甲的方法。不过拔甲后新长出的指甲有可能还会再次被真菌感染，而且术后要注意局部的护理，防止感染，一般儿童除非病情很严重，否则不轻易采用手术拔甲这种方式。比如病甲面积较小的时候可以考虑，但术后恢复需要一定时间，期间要保持伤口清洁。