生化妊娠指的是精子和卵子结合形成受精卵，但受精卵未能成功在子宫着床的情况，大约50% - 60%的生化妊娠可能与胚胎自身染色体异常有关。
胚胎因素
染色体异常： 受精卵在发育过程中，如果染色体出现数目或者结构的异常，就很容易导致生化妊娠。这种染色体的问题可能是精子或者卵子本身携带的，也可能是在受精卵分裂过程中出现差错导致的。据统计，因胚胎染色体异常引发的生化妊娠占比较高。胚胎质量不佳： 除了染色体问题，胚胎自身的质量也很关键。如果精子或者卵子的质量不好，比如精子活力低下、卵子发育不成熟等，形成的受精卵质量也会受到影响，进而增加生化妊娠的发生风险。
母体因素
子宫因素： 子宫是受精卵着床的场所，如果子宫存在异常，比如子宫内膜薄，厚度低于8mm左右时，受精卵着床就比较困难；或者子宫内膜息肉、子宫肌瘤等病变，也会干扰受精卵的着床，从而引发生化妊娠。内分泌因素： 女性体内的内分泌环境对受精卵着床至关重要。例如，黄体功能不全时，卵巢排卵后形成的黄体分泌孕激素不足，子宫内膜不能很好地转化为适合受精卵着床的状态，就容易导致生化妊娠。一般来说，体内孕酮水平低于一定数值时，就可能影响着床。另外，甲状腺功能异常，无论是甲亢还是甲减，都会影响激素平衡，进而对受精卵着床产生不利影响。
免疫因素
自身免疫异常： 母体自身的免疫系统如果出现异常，产生的抗体可能会攻击受精卵，使得受精卵无法正常着床。比如存在抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病时，就容易引发生化妊娠。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，也会导致生化妊娠。母体的免疫系统不能正确识别胚胎为“自身组织”，从而产生免疫排斥反应，影响受精卵着床。
其他因素
生活方式： 不良的生活方式也可能增加生化妊娠的风险。长期吸烟、酗酒的女性，其身体内环境不利于受精卵着床。另外，过度劳累、精神压力过大等，也会影响内分泌和身体的整体状态，对受精卵着床产生不利影响。环境因素： 长期接触一些有毒有害物质，如苯、甲醛等化学物质，或者处于放射性环境中，可能会影响生殖细胞的质量以及受精卵的着床，从而导致生化妊娠的发生。