生化妊娠是指精卵结合后，没有成功在子宫着床的妊娠。导致生化妊娠的原因有多种，大约50%-60%的生化妊娠是因为胚胎本身的质量问题，比如胚胎染色体异常，这是最常见的原因之一。
胚胎因素：
染色体异常： 胚胎染色体数目或结构异常是导致生化妊娠的重要原因。据统计，约有一半以上的生化妊娠是由于胚胎染色体异常引起的。这种异常可能是精子或卵子在形成过程中发生了差错导致的。胚胎发育潜能差： 即使胚胎染色体正常，但如果胚胎本身的发育潜能不好，也可能无法正常着床，从而发生生化妊娠。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎着床至关重要。例如，黄体功能不全是常见的导致生化妊娠的内分泌因素。黄体分泌的孕酮不足，会影响子宫内膜的容受性，使得胚胎难以着床。一般来说，黄体期孕酮水平低于正常范围，就可能增加生化妊娠的风险。子宫因素： 子宫的形态和内膜状况也会影响胚胎着床。子宫畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，会改变子宫腔内的环境，不利于胚胎着床。子宫内膜厚度不合适，太薄或者太厚都可能影响着床。正常情况下，子宫内膜厚度在8~12毫米左右比较适合胚胎着床，如果内膜过薄（小于7毫米）或过厚（大于15毫米），生化妊娠的几率会增加。
免疫因素：
自身免疫异常： 母体的自身免疫反应异常可能攻击胚胎，导致生化妊娠。例如，抗磷脂抗体阳性的女性，体内的抗磷脂抗体可能会影响胎盘的血管形成，阻碍胚胎的血供，从而导致着床失败。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应过强，也会使得胚胎无法在子宫内正常着床，引发生化妊娠。
其他因素：
环境因素： 长期接触一些有害物质，如放射线、化学毒物等，可能会影响胚胎的发育，增加生化妊娠的发生几率。精神压力： 长期处于高压力状态下，可能会影响内分泌系统和免疫系统，对胚胎着床产生不利影响，进而导致生化妊娠。