细菌性阴道病主要是阴道内正常菌群失调引起的混合感染，其中乳杆菌减少，加德纳菌及其他厌氧菌增多是主要原因。据统计，约10% - 40%的细菌性阴道病与阴道毛滴虫感染有关。
阴道内菌群失调方面
阴道内正常菌群变化： 正常情况下，阴道内以乳杆菌占优势，它能维持阴道的酸性环境（pH值在3.8 - 4.4之间），抑制其他病菌生长。当阴道内环境改变时，比如长期使用抗生素，会抑制乳杆菌生长，破坏阴道菌群平衡，从而有利于加德纳菌等厌氧菌繁殖，引发细菌性阴道病。另外，频繁性交、阴道灌洗等也可能打破阴道菌群平衡，增加患病风险。酸碱度改变影响： 正常阴道呈弱酸环境，若阴道酸碱度升高，偏离了乳杆菌适宜生存的环境，乳杆菌数量减少，就为加德纳菌等致病菌创造了有利条件。比如患有盆腔炎等妇科炎症时，可能会影响阴道酸碱度，增加细菌性阴道病发生几率。
其他相关因素方面
性行为影响： 多个性伴侣或者新的性伴侣，会使阴道内菌群更易发生变化。研究发现，有多个性伴侣的女性患细菌性阴道病的几率比单一性伴侣的女性高很多。而且，男性的阴茎包皮处可能携带一些致病菌，在性行为过程中容易传染给女性，导致女性患上细菌性阴道病。个人卫生习惯影响： 不注意外阴清洁，比如不经常更换内裤、不清洗外阴等，会使阴道局部环境不佳，利于细菌滋生。但过度清洁，像频繁用洗液冲洗阴道，也会破坏阴道正常菌群和酸碱平衡，增加细菌性阴道病的发病可能。例如，每周使用洗液冲洗阴道超过3次的女性，患细菌性阴道病的风险比偶尔使用的女性要高。