肠结核好发于回盲部，其他部位依次为升结肠、空肠、横结肠、降结肠、阑尾、十二指肠和乙状结肠等处，胃、食管极少发病。
在我国，肠结核绝大多数继发于肺结核，特别是开放性肺结核。因经常吞下含结核菌的痰液而致病。少数继发于体内其他部位的结核病灶。肠结核的感染途径主要是经口感染。患者常因咽下含结核菌的痰液而致病。经常与开放性肺结核患者密切接触。若饮用未经消毒的带菌牛奶或乳制品，也可能引起原发性肠结核。
肠结核的主要临床表现有：
1.腹痛：多位于右下腹，反映肠结核受结核菌刺激的炎症反应。疼痛多为隐痛或钝痛。有时进餐可诱发腹痛伴便意，排便后可有不同程度的缓解。
2.腹泻与便秘：腹泻是溃疡型肠结核的主要表现之一，这是由进餐刺激引起的胃酸和消化酶分泌，空腹时胃肠蠕动增加及炎症渗出物刺激所致。排便次数多则因病变引起的胃肠功能紊乱所致。严重者腹泻可每日多达十余次。此外，增生型肠结核多以便秘为主要表现。
3.腹部肿块：主要见于增生型肠结核，肠壁局部增厚形成肿块。常位于右下腹，比较固定，质地中等，伴有轻重不等的压痛。
4.全身症状和肠外结核表现：溃疡型肠结核常有结核毒血症，如午后低热、不规则热，弛张热或稽留热，伴有盗汗，可有乏力、消瘦、贫血、营养不良性水肿等症状。