功能性子宫出血是由于神经内分泌系统失调引起的异常子宫出血，常见原因有以下几类：
内分泌失调因素
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴功能紊乱： 比如青春期女性，下丘脑对促性腺激素释放激素的分泌调节不稳定，就可能导致卵泡发育异常，引起功能性子宫出血。而围绝经期女性，卵巢功能衰退，雌激素分泌波动，也会打乱正常的月经周期，引发功能性子宫出血。
全身性疾病影响
血液病： 像血小板减少性紫癜、白血病等血液病，会影响凝血功能，使得子宫出血不易止住，从而引发功能性子宫出血。据统计，约有 10% - 15%的功能性子宫出血患者存在凝血功能异常相关的全身性疾病。甲状腺功能异常： 甲状腺功能亢进或减退都会干扰内分泌平衡，进而影响月经，导致功能性子宫出血。甲状腺激素分泌过多或过少，都会打乱下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常调节，使月经出现紊乱。
子宫本身病变导致
子宫肌瘤： 子宫肌瘤会改变子宫的正常结构和收缩功能，影响子宫内膜的血管收缩，导致子宫出血异常。例如肌壁间肌瘤会影响子宫收缩，使血管破裂出血，引发功能性子宫出血。子宫内膜息肉： 子宫内膜息肉会使子宫内膜面积增大，并且影响子宫收缩，容易引起子宫异常出血，导致功能性子宫出血的发生。子宫内膜息肉患者中，约有 20% - 30%会出现功能性子宫出血的症状。