拉肚子屁眼会疼主要是因为频繁腹泻刺激肛门周围皮肤。比如每天腹泻次数达到3次及以上时，就容易让肛门部位受到粪便反复摩擦，从而出现疼痛。
原因一：粪便刺激
肠道炎症导致腹泻： 当肠道发生炎症时，如细菌性痢疾，肠道黏膜会分泌大量黏液和渗出物，引发腹泻。此时排出的粪便含有较多刺激性物质，频繁刺激肛门周围皮肤，就会引起疼痛。一般细菌性痢疾是由志贺菌感染引起，具有一定传染性。消化不良引起腹泻： 若因饮食不当导致消化不良，食物不能被充分消化吸收，也会出现腹泻情况。例如吃了过多油腻食物后，肠道消化负担加重，引起腹泻，排出的粪便同样会刺激肛门周围皮肤导致疼痛，这种情况可能持续1 - 2天。
原因二：肛门局部问题
痔疮： 本身有痔疮的人，拉肚子时腹压增加，会加重痔疮充血肿胀。痔疮受到粪便摩擦刺激，就会引发疼痛。而且痔疮分为内痔、外痔、混合痔，外痔更容易在腹泻时受到粪便刺激出现疼痛，外痔一般能在肛门外摸到肿物。肛裂： 有肛裂的患者，拉肚子时粪便通过肛管，会刺激到肛裂的创面，导致肛门疼痛加剧。肛裂通常是由于大便干结等原因引起肛管皮肤裂开，腹泻时稀便通过裂开的创面就会产生明显疼痛。
原因三：肠道感染寄生虫
蛔虫感染： 肠道内如果有蛔虫寄生，也可能影响肠道正常功能导致腹泻。蛔虫在肠道内活动时可能会刺激肠道，引起腹泻，同时蛔虫相关代谢产物等也可能刺激肛门周围，导致屁眼疼痛。不过现在蛔虫感染在卫生条件较好的地区相对少见，但在一些卫生状况较差的地方仍有发生。绦虫感染： 绦虫寄生在肠道内，会影响肠道消化吸收，导致腹泻情况出现。绦虫感染后排出的节片可能会从肛门脱出，刺激肛门周围，引起疼痛，而且绦虫感染后可能会在粪便中发现白色带状的节片。