拉肚子时屁眼疼主要是因为频繁排便刺激肛门周围皮肤及组织。粪便中的细菌、酶等物质会进一步损伤肛门局部，导致疼痛。一般来说，这种情况常见于以下几方面原因。
肠道炎症刺激导致
肠炎引发： 当患有肠炎时，肠道黏膜会出现充血、水肿等炎症反应。频繁的腹泻会使带有炎症物质的粪便频繁刺激肛门。比如细菌性肠炎，由大肠杆菌等细菌感染肠道，炎症会让肛门周围的神经末梢更敏感，从而引发疼痛。病毒性肠炎也会如此：像轮状病毒引起的肠炎，腹泻次数多，粪便刺激肛门，就容易导致屁眼疼。
肛门局部本身有问题
肛裂因素： 如果本身就有肛裂，拉肚子时粪便通过肛裂创面，会直接刺激到裂口，引起剧烈疼痛。肛裂通常是肛门皮肤有裂开的小伤口，正常排便时可能就会有疼痛，更何况频繁腹泻时粪便的摩擦。痔疮影响：有痔疮的人，拉肚子时腹压增加，会加重痔疮的淤血肿胀，同时粪便刺激痔疮表面，也会让屁眼疼。比如内痔，排便时可能原本就有不适，腹泻时这种不适会更明显。
粪便特性影响
粪便刺激性强： 当拉肚子时，如果粪便比较稀，呈水样便，其中的一些酸性物质、酶类等对肛门周围皮肤的刺激性更大。例如感染了霍乱弧菌引起剧烈水样腹泻，粪便中的成分会快速损伤肛门周围的皮肤和黏膜，导致疼痛。粪便次数多： 拉肚子次数越多，对肛门刺激的频率就越高。比如一天腹泻10次以上，肛门被粪便刺激的机会大大增加，疼痛也就更容易发生。