怀孕3个多月腰酸疼的原因有多种，主要包括以下这些：
一、腰肌劳损：女性怀孕后腰部负荷增大，会致使腰椎部位肌肉张力上升，长此以往会造成肌肉疲劳与损伤，进而出现腰酸疼的状况。
二、先兆流产：妊娠3个月左右时若有先兆流产迹象，部分女性除了下腹部阵发性坠胀痛外，疼痛还会向腰部放射，从而感觉腰酸疼，通常还伴有子宫收缩，即下腹部有紧缩感，且可能出现少许阴道流血现象。
三、缺钙：怀孕3个多月后子宫逐渐增大超出盆腔，会对女性腰部及整个脊柱产生一定影响，且妊娠3个月后孕妇对钙的需求逐渐增大，尤其对于怀孕前就缺钙的女性，可能会表现出缺钙现象，如腰酸疼等症状。
四、结石：如输尿管结石、肾结石等，结石刺激可能会出现患结石一侧腰部酸疼，还可能伴有血尿等症状。
五、腰椎间盘突出症：若孕妇患有腰椎间盘突出症，在孕期可能会导致症状加重，从而出现腰酸疼现象。
对于怀孕3个多月腰酸疼的孕妇，可前往医院进行子宫附件超声检查、尿常规检查以及泌尿系超声检查等，以进一步明确病因。在日常生活中建议多注意休息，避免久坐、久站及长时间弯腰，可进行卧床休息，并根据实际情况补充钙质。
总结：怀孕3个多月腰酸疼的原因包括腰肌劳损、先兆流产、缺钙、结石、腰椎间盘突出症等，孕妇可通过相关检查明确病因，日常要注意休息和补钙等。