小便时龟头会有刺痛感，这可能是龟头炎、尿道炎、尿道结石等因素所致，需及时就医检查和治疗，以防引发严重并发症。
一、龟头炎：若男性本身存在包皮过长或包茎情况，就容易藏污纳垢，进而可能诱发包皮龟头炎。因炎症刺激，会导致龟头以及尿道口部位的黏膜或皮肤出现损伤。在排尿时，尿液会对这些损伤处造成刺激，引起龟头刺痛，龟头局部还会伴有瘙痒等症状。治疗上可使用红霉素软膏等药物。
二、尿道炎：男性日常不注重下体卫生或有不洁性生活，会致使尿道黏膜发生炎症感染，导致尿道局部受到刺激并出现损伤，排尿时就会引发龟头疼痛，通常还会伴有尿频、尿急、尿道烧灼感等表现。应在医生指导下选用敏感类抗生素进行治疗，比如阿莫西林、阿奇霉素等。
三、尿道结石：排尿时因结石活动刺激而造成黏膜损伤，从而导致小便时龟头刺痛，可能还伴有排尿困难、血尿等症状。当结石无法自行排出时，应当考虑进行激光碎石术。
总之，当出现小便时龟头刺痛的情况后，要及时明确原因，并采取针对性的治疗措施，避免病情加重而导致不良后果。