短肠综合征的治疗需综合多方面措施，一般来说，早期营养支持等治疗很关键。比如在急性期，可能需要通过肠外营养等方式维持机体基本需求。
营养支持治疗
肠外营养支持： 在短肠综合征早期，当肠道功能还未恢复时，肠外营养是维持患者营养状况的重要手段。通过静脉途径为患者提供蛋白质、脂肪、碳水化合物、维生素和矿物质等营养物质，通常需要持续一段时间，可能数周甚至数月。肠内营养支持： 随着肠道功能的逐渐恢复，可尝试肠内营养。一般从少量低渗的肠内营养制剂开始，逐渐增加剂量和浓度。例如，初始可以给予每小时10 - 20ml的低渗肠内营养溶液，观察患者耐受情况后再逐步调整。
药物辅助治疗
胃肠道动力调节剂： 部分患者可能存在胃肠道动力紊乱，可使用胃肠道动力调节剂来改善。比如莫沙必利等药物，能促进胃肠道的蠕动，有助于食物在肠道内的消化和吸收，但使用时需注意其可能的副作用，如腹泻等情况的发生。胃酸抑制剂： 短肠综合征患者由于肠道结构改变，可能会影响胃酸的中和等过程，适当使用胃酸抑制剂如质子泵抑制剂（如奥美拉唑），可以减少胃酸对肠道黏膜的刺激，营造相对适宜的肠道内环境，有利于营养物质的吸收。
手术治疗相关
小肠移植： 对于严重的短肠综合征患者，当其他治疗方法效果不佳时，小肠移植可能是一种选择。但小肠移植面临着免疫排斥等诸多问题，而且手术风险较高，术后需要长期使用免疫抑制剂来防止排斥反应。一般来说，只有在患者出现严重的营养衰竭等危及生命的情况时才会考虑小肠移植，并且需要严格评估患者的整体状况和移植的可行性。肠扩展手术： 一些患者可以通过肠扩展手术来增加残留小肠的吸收面积。例如，通过外科手术的方法对残留的小肠进行处理，促使其黏膜增生等，从而提高小肠的吸收功能，但这种手术有一定的适应症和手术难度，需要由经验丰富的外科医生进行评估和操作。