短肠综合征的治疗需要综合多方面措施，一般来说，营养支持是关键部分。短肠综合征患者往往需要长期的营养支持来维持机体营养状况，通常在发病早期可能就需要开始进行营养相关的干预。
营养支持方式
肠内营养： 是优先选择的营养支持方式，当患者肠道有部分功能时，可通过经口或鼻饲等途径给予要素饮食等肠内营养制剂。但要根据患者肠道功能逐步调整配方和摄入量，一般起始剂量要小，逐渐增加。肠外营养： 对于肠道功能严重受损，无法进行有效肠内营养的患者，需要完全依靠肠外营养。肠外营养需要提供足够的能量、蛋白质、脂肪、碳水化合物、维生素和矿物质等。一般每天需要保证能量供应在25 - 35kcal/kg体重左右，蛋白质摄入约1.5 - 2.0g/kg体重。
药物辅助治疗
胃肠道动力药： 如莫沙必利等，可促进胃肠道蠕动，改善肠道功能。莫沙必利能选择性地促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，加快肠道内容物的通过。谷氨酰胺： 可以促进肠道黏膜细胞的增殖和修复，对短肠综合征患者的肠道黏膜保护有一定作用。它是肠道黏膜细胞代谢的重要能源物质，能够维持肠道黏膜的结构和功能完整性。
手术治疗相关
小肠移植： 对于极少数病情极其严重，经过长期内科治疗无效的短肠综合征患者，可能考虑小肠移植手术。但小肠移植面临着免疫排斥等诸多难题，而且手术风险较高，术后需要长期使用免疫抑制剂等药物来预防排斥反应。肠道延长手术： 部分患者可以通过肠道延长手术来增加肠道的吸收面积。例如，对于因肠扭转等原因导致部分小肠切除后剩余小肠较短的患者，可尝试进行肠道延长的相关手术操作，但该手术有一定的适应症和技术要求，需要严格评估患者情况后才能实施。