非淋菌性尿道炎通常由沙眼衣原体、解脲支原体等病原体感染引起，治疗常用抗生素。一般来说，常用的药物有阿奇霉素、多西环素等。
常用药物种类
大环内酯类抗生素：
阿奇霉素： 是治疗非淋菌性尿道炎的常用药物之一。它对沙眼衣原体、解脲支原体等病原体有较好的抑制作用。通常单次口服较大剂量即可发挥疗效，但要注意对大环内酯类药物过敏者禁用。红霉素： 也属于大环内酯类，可用于非淋菌性尿道炎的治疗。不过，使用红霉素可能会引起胃肠道不适等不良反应，如恶心、呕吐等。
四环素类抗生素：
多西环素： 对衣原体和支原体感染有良好的抗菌活性。一般需要连续服用一定疗程，比如7 - 10天左右。但孕妇、8岁以下儿童禁用，因为可能会影响牙齿和骨骼发育。米诺环素： 同样属于四环素类，也可用于非淋菌性尿道炎的治疗。它的抗菌谱较广，不过也可能会有一些副作用，像头晕等情况偶尔会出现。
用药注意事项
遵医嘱用药：
患者一定要严格按照医生的嘱咐用药，包括用药的种类、剂量和疗程等。不要自行增减药量或停药，否则可能影响治疗效果，还可能导致病原体产生耐药性。例如，本来需要连续服用7天的药物，自行缩短疗程，可能病原体没有被完全清除，疾病容易复发。
性伴侣同治：
非淋菌性尿道炎是可以通过性接触传播的，所以在治疗期间，患者的性伴侣也需要同时接受检查和治疗，否则即使患者自身治愈了，也可能会通过性接触再次感染。一般建议性伴侣一同进行病原体检测，如果确诊感染也需要进行相应的治疗。
注意药物不良反应：
不同的药物可能会有不同的不良反应。比如服用多西环素可能会出现胃肠道反应，如腹痛、腹泻等，此时可以在饭后服用以减轻胃肠道刺激。如果在用药过程中出现严重的不良反应，如过敏反应（皮疹、瘙痒等）、严重的胃肠道不适无法耐受等，应及时就医，调整治疗方案。
特殊人群用药
孕妇：
孕妇患非淋菌性尿道炎时用药需要格外谨慎。因为一些抗生素可能会对胎儿产生不良影响。例如，四环素类药物孕妇禁用，而大环内酯类中的红霉素相对来说可能相对安全一些，但也需要在医生的严格评估下使用，医生会权衡利弊，选择对胎儿影响最小的药物进行治疗。
儿童：
儿童患非淋菌性尿道炎时，用药也有特殊要求。8岁以下儿童禁用四环素类药物，对于大环内酯类药物的使用也需要谨慎，必须在医生的指导下，根据儿童的体重、病情等情况合理选择药物，并且要密切观察用药后的反应。