手足口病的传染源主要是患者和隐性感染者。据相关研究，在手足口病流行期间，患者的密切接触者中约有一定比例会成为隐性感染者，他们同样具有传染性。
患者：主要传染源
发病期患者： 处于发病期的手足口病患者，其体内携带大量肠道病毒，在发病前1-2天至发病后1周内，可通过鼻咽分泌物、唾液、疱疹液、粪便等排出病毒，从而污染周围环境，导致他人感染。例如，患者的唾液中含有大量病毒颗粒，当健康人接触到被污染的空气时，就有可能吸入病毒而被感染。恢复期患者： 部分患者在发病恢复期仍可能排出病毒，虽然病毒量相对发病期有所减少，但仍具有传染性，也可能成为传染源。
隐性感染者：不可忽视的传染源
无症状携带病毒者： 一些人感染肠道病毒后，并不出现明显的手足口病症状，即成为无症状隐性感染者。他们自身没有任何不适表现，但体内却携带病毒，并且会持续排出病毒，在不知情的情况下将病毒传播给他人。例如，在手足口病聚集性疫情中，常常能发现无症状隐性感染者的存在，他们在与他人密切接触过程中，不经意间就会传播病毒。病毒携带时间： 隐性感染者携带病毒的时间长短不一，一般可能持续数天至数周不等，具体取决于个体的免疫状况等因素。
传播途径与传染源的关系
通过密切接触传播： 由于患者和隐性感染者会排出病毒，当健康人接触到被病毒污染的物品，如玩具、餐具、毛巾等，或者与患者直接接触（如拥抱、握手等），就容易通过密切接触感染肠道病毒，引发手足口病。比如，在幼儿园等儿童聚集场所，儿童之间相互接触频繁，若有传染源存在，就很容易造成疾病的传播。通过飞沫传播： 患者打喷嚏、咳嗽时产生的飞沫中含有病毒，健康人吸入这些飞沫后也可能被感染。所以在人群密集且通风不良的环境中，手足口病更容易传播，这也与传染源的存在密切相关。