肾结石形成的原因较为复杂，主要与代谢异常、局部因素以及其他一些因素有关。一般来说，尿液中一些物质浓度过高，析出结晶就可能形成肾结石。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，就容易促使肾结石形成。
代谢异常相关原因
尿液中成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增多时，就容易形成肾结石。例如，尿钙排泄增多，就会使尿液中钙的浓度升高，超过尿液的溶解度，就可能析出钙盐结晶，进而形成肾结石。正常情况下，尿钙的排泄量有一定范围，若超出这个范围就容易出问题。尿酸代谢异常： 体内尿酸产生过多或者尿酸排泄减少，会导致血尿酸升高，尿酸随尿液排出时，若尿液中尿酸浓度过高，就会形成尿酸结石。比如一些喜欢吃高嘌呤食物的人，像经常大量吃动物内脏、海鲜等，就容易出现尿酸代谢异常，增加尿酸结石的形成风险。
局部因素相关原因
尿路梗阻： 尿路梗阻会导致尿液引流不畅，使尿液中的晶体物质容易在局部沉积，从而形成肾结石。比如肾盂输尿管连接部狭窄、输尿管结石等都可能引起尿路梗阻。一旦发生梗阻，尿液排出受阻，就为肾结石的形成创造了条件。尿路感染： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，进而形成结石。而且感染还会改变尿液的酸碱度，影响晶体的溶解度，促进结石形成。例如，一些患有慢性尿路感染的患者，就比较容易长肾结石。
其他因素相关原因
饮食因素： 长期摄入高嘌呤、高草酸、高盐的食物，会增加肾结石的发病风险。比如菠菜、草莓等草酸含量高的食物吃多了，会使尿液中草酸浓度升高；动物内脏、海鲜等嘌呤含量高的食物吃多了，尿酸生成会增多。还有长期饮水过少，会导致尿液浓缩，使尿液中晶体物质浓度升高，也容易形成肾结石。一般建议每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，降低结石形成风险。某些疾病影响： 一些疾病也会增加肾结石的发生几率，如甲状旁腺功能亢进症，会使血钙升高，进而导致尿钙排出增多；肾小管酸中毒会影响尿液的酸碱度和成分，容易形成肾结石。