蛋白过敏的症状表现多样，比如皮肤方面，婴儿可能会出现湿疹，大约有60%以上对牛奶蛋白过敏的婴儿会先出现湿疹症状，表现为皮肤红斑、瘙痒等；还有可能出现荨麻疹，皮肤会突然出现大小不等的风团，呈鲜红色或苍白色，伴明显瘙痒。
消化系统表现
消化系统也是蛋白过敏常见的受累部位。婴儿可能会出现呕吐，有些婴儿在进食含蛋白食物后1-2小时内就可能发生呕吐；还可能有腹泻，大便次数增多，性状改变，可能是稀水样便、黏液便等，严重的可能影响营养吸收，导致体重增长缓慢。儿童可能会出现腹痛，表现为腹部隐痛或阵发性绞痛等。
呼吸道表现
呼吸道方面，婴儿可能出现流涕、鼻塞，类似感冒症状；稍大些的孩子可能出现咳嗽，有的是刺激性干咳，有的可能伴有喘息，严重的蛋白过敏可能引发哮喘发作，出现呼吸困难、气促等症状，有研究显示约10%-20%的哮喘患儿与蛋白过敏有关。
其他表现
蛋白过敏还可能有其他表现，比如婴儿可能会烦躁不安，睡眠质量差，因为身体不适而哭闹不止；严重的蛋白过敏甚至可能出现过敏性休克，这是非常危急的情况，会有面色苍白、口唇发绀、血压下降、心率加快等表现，需要立即抢救。