三个月婴儿发烧，通常是由风寒入侵、细菌感染、病毒感染等原因所致，需依据具体原因进行处理。
一、风寒入侵：若平时保暖措施不佳，导致婴儿身体受风寒侵袭，就可能引发体温上升。此时，可以用湿毛巾擦拭身体来帮助降温，还应让婴儿多喝水，同时要按时到医院复查。
二、细菌感染：当婴儿身体受到细菌感染时，会使体内白细胞升高，进而出现发热现象。可使用湿毛巾擦拭婴儿的手心脚心等部位，同时需遵医嘱使用阿莫西林颗粒、对乙酰氨基酚口服溶液等药物进行治疗。
三、病毒感染：若婴儿受到病毒感染，可能出现鼻塞、打喷嚏等症状，同时伴有体温升高。这时可遵医嘱使用磷酸奥司他韦颗粒、布洛芬颗粒等药物进行治疗，以防止病情加重。
此外，也可能是因为婴儿自身抵抗力较弱等其他原因。在日常生活中，家长必须重视婴儿的防护。
总之，要明确婴儿发烧的具体原因，采取针对性的措施，并且要做好婴儿日常的防护和照顾工作。