小腿肌肉剧烈疼痛可能与以下原因有关：
1.过度运动：如果在跑步前没有进行充分的热身运动，或者跑步强度过大、时间过长，可能导致小腿肌肉疲劳和损伤，引起疼痛。
2.肌肉拉伤：跑步时姿势不正确、地面不平整或鞋子不合适等因素，可能导致小腿肌肉拉伤，引起疼痛和肿胀。
3.肌肉痉挛：在跑步过程中，小腿肌肉突然收缩，导致肌肉痉挛，也会引起剧烈疼痛。
4.其他原因：缺乏维生素D、电解质失衡、血管疾病等也可能导致小腿肌肉疼痛。
针对不同原因引起的小腿肌肉疼痛，可以采取以下措施：
1.休息：立即停止跑步，让小腿肌肉得到充分的休息。
2.冷敷：用冰袋或冷毛巾冷敷疼痛部位，每次15-20分钟，每天数次，可缓解疼痛和肿胀。
3.按摩：轻轻按摩疼痛部位，可促进血液循环，缓解肌肉紧张。
4.拉伸：进行小腿肌肉的拉伸运动，可缓解肌肉紧张，增强肌肉柔韧性。
5.药物治疗：如果疼痛严重，可以口服非甾体类抗炎药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等，缓解疼痛。
6.就医：如果疼痛持续时间较长、症状严重或伴有其他症状，如肿胀、麻木、无力等，应及时就医，进行进一步的检查和治疗。
此外，为了预防小腿肌肉疼痛的发生，可以采取以下措施：
1.充分热身：在跑步前进行充分的热身运动，活动关节，拉伸肌肉。
2.逐渐增加运动强度：避免突然增加跑步强度和时间，让身体逐渐适应。
3.注意姿势：保持正确的跑步姿势，避免过度前倾或后仰。
4.选择合适的鞋子：选择合适的跑鞋，提供良好的支撑和缓冲。
5.补充营养：保持均衡的饮食，摄入足够的维生素D和电解质。
6.定期休息：避免连续跑步，给身体足够的休息时间。
需要注意的是，如果疼痛持续不缓解或伴有其他严重症状，应及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。