阴茎上长小痘痘的原因可能包括有过不洁性生活、皮脂腺囊肿、尖锐湿疣等。
一、不洁性生活：在进行性生活时，如果双方不注重卫生，就可能导致局部出现炎症反应。对此，应做好局部卫生工作，可用温水清洗局部，以缓解症状。
二、皮脂腺囊肿：当阴囊部位皮脂腺开口堵塞，皮脂内容物蓄积时，易引发皮脂腺囊肿，从而使局部出现类似小痘痘的现象。可通过手术切除来治疗，如选择微创手术或激光手术等。其中：
1.微创手术：具有创伤小等特点。
2.激光手术：利用激光能量来去除病变组织。
三、尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染引起，可通过性生活传播，通常会造成局部出现小痘痘，并伴有瘙痒症状。可采用冷冻治疗，这种方式能使局部冷却到特定温度，让病变组织失去活性从而达到去除目的。
此外，也可能是阴茎上长肿瘤等原因。建议根据具体情况采取相应的治疗方案。总之，当发现阴茎上出现异常时，应及时就医，明确原因并进行针对性治疗。