宝宝做腺样体手术可能出现的后遗症相对较少，但也需重视。一般来说，腺样体手术较为安全，但仍可能有一些情况。
出血风险方面
术后短期内出血： 术后24小时内有少量渗血较为常见，通常是创面的正常反应。但如果出血量较多，如口腔内可见较多鲜血流出，就需要及时处理。一般来说，这种严重出血的发生率较低，约在1%左右。长期少量出血： 极少数宝宝可能会出现术后长期的少量出血情况，可能与创面愈合过程中的小血管破裂有关，但这种情况非常罕见。
感染相关情况
伤口感染： 术后如果护理不当，宝宝抵抗力下降，可能会发生伤口感染。表现为术区红肿、疼痛加剧，伴有发热等症状。一般通过及时的抗感染治疗可以控制，发生率在2% - 5%左右。呼吸道感染： 腺样体手术会对宝宝的上呼吸道局部环境有一定影响，术后宝宝可能更容易发生呼吸道感染，比如感冒、支气管炎等。这是因为腺样体本身有一定的免疫屏障作用，术后短期内宝宝的呼吸道防御功能会有短暂下降，不过通过加强护理，这种情况可以得到较好的控制。
影响咽鼓管功能
暂时性咽鼓管功能障碍： 腺样体与咽鼓管关系密切，术后可能出现暂时性的咽鼓管功能障碍，表现为耳闷、听力轻度下降等。一般在术后1 - 3个月会逐渐恢复，发生率约为5% - 10%。永久性咽鼓管功能异常： 非常罕见，几乎不会发生。如果出现永久性咽鼓管功能异常，可能会导致长期的耳部不适等问题，但这种情况概率极低。
影响面部发育
特殊情况： 对于一些长期腺样体肥大已经影响面部发育的宝宝，术后面部发育可能会继续改善，但也有极少数宝宝可能因为手术时机较晚等因素，面部发育已经受到一定不可逆影响，不过这种情况非常少见，发生率极低。总体而言，腺样体手术的益处远远大于可能出现的少量后遗症风险。