结膜炎的治疗需根据不同类型选择合适眼药水，一般细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，如氧氟沙星滴眼液，它能有效抑制细菌生长繁殖，通常用药后数天内症状可缓解；病毒性结膜炎可使用抗病毒类眼药水，像阿昔洛韦滴眼液，能针对病毒发挥作用，帮助减轻眼部不适，一般用药1~2周左右可能有明显改善。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液：属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而达到杀菌效果，对多种引起细菌性结膜炎的常见细菌有良好抑制作用。不过，18岁以下儿童使用需谨慎，最好在医生指导下应用。妥布霉素滴眼液：也是常用的抗生素眼药水，对革兰氏阳性菌及阴性菌都有一定抗菌活性，适用于敏感菌引起的细菌性结膜炎，使用时要注意点眼的卫生，避免污染眼药水。
病毒性结膜炎适用眼药水
更昔洛韦眼用凝胶：能抑制病毒DNA合成，对单纯疱疹病毒等引起的病毒性结膜炎有治疗作用，一般需要按照疗程使用，每天用药数次，坚持使用可帮助缓解眼部的炎症、疼痛等症状。阿昔洛韦滴眼液：同样针对病毒发挥作用，通过干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒复制，使用时要注意闭眼睛，让眼药水更好地发挥作用，且用药期间要注意休息，避免过度用眼。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液：属于抗组胺类眼药水，能选择性地结合H1受体，抑制组胺引起的过敏症状，比如眼痒等，用药后通常在较短时间内（15~30分钟左右）就能感觉到眼部不适有所减轻，不过过敏体质者使用时需密切观察眼部反应。色甘酸钠滴眼液：可以稳定肥大细胞，阻止肥大细胞脱颗粒释放组胺等致敏介质，从而预防和治疗过敏性结膜炎，一般在过敏季节前或接触过敏原前使用，能起到一定的预防作用，儿童使用时要在成人监护下进行。