如果在怀孕期间发现孕酮低且有褐色分泌物，可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：在怀孕早期，褐色分泌物可能是先兆流产的迹象。这可能是由于胚胎染色体异常、母体激素分泌不足、子宫畸形等原因引起的。需要及时就医，医生可能会建议卧床休息、补充孕激素等治疗方法。如果症状加重或出现阴道流血增多、腹痛等情况，可能需要进行清宫术。
2.异位妊娠：受精卵在子宫以外的部位着床发育，称为异位妊娠。其中以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，也会出现孕酮低和褐色分泌物。需要及时就医，通过超声检查等方法确诊。一旦确诊，需要进行手术治疗或药物治疗，以避免破裂出血等危险情况的发生。
3.其他：除了上述情况，宫颈息肉、宫颈癌等疾病也可能导致怀孕期间出现褐色分泌物。需要及时就医，进行相关检查，明确原因，并采取相应的治疗措施。
如果在非怀孕期间发现孕酮低且有褐色分泌物，可能是以下原因导致的：
1.黄体功能不足：黄体功能不足是指卵巢排卵后形成的黄体内分泌功能不足，以致孕激素分泌不足，使子宫内膜分泌转化不足，出现排卵性功血，且不利于受精卵的着床。可在医生的指导下补充天然黄体酮。
2.其他：某些疾病，如甲状腺功能减退、肾上腺功能紊乱等，也可能导致孕酮水平降低和褐色分泌物的出现。此外，某些药物的使用也可能影响孕酮水平。需要及时就医，进行全面的身体检查，以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。
无论是怀孕期间还是非怀孕期间，出现孕酮低且有褐色分泌物的情况，都需要及时就医，进行详细的检查和诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，需要注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持良好的心态，有助于身体的恢复。