舌下腺囊肿主要通过手术治疗，一般确诊后建议尽早手术。手术方式有两种，一是根治性手术，切除舌下腺及囊肿。因为舌下腺是囊肿产生的根源，切除后能从根本上防止复发，这种手术效果较为彻底，但手术有一定创伤，术后需要一段时间恢复。二是简单摘除囊肿的术式，即切除囊肿，保留舌下腺。不过这种方法复发率相对较高，大约有5% - 10%的复发可能。
手术治疗的适用情况
对于较小的舌下腺囊肿，若患者身体状况不适合较大手术，可先考虑简单摘除囊肿，但要密切观察复发情况。而对于较大的舌下腺囊肿，影响口腔功能或外观时，根治性手术是更合适的选择，能从源头上解决问题。
术后注意事项
术后要保持口腔清洁，每天可以用淡盐水漱口，一般建议至少漱口3 - 4次。饮食方面要避免吃辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，也不能吃坚硬、粗糙的食物，像坚果、硬面包等，以免刺激手术部位，影响伤口愈合。术后还需要按照医生的要求定期复查，一般术后1周、1个月、3个月都要复查，通过检查可以及时发现是否有复发等情况。
非手术治疗的局限性
目前除了手术外，没有特效的药物可以完全治愈舌下腺囊肿。一些所谓的药物治疗往往只能缓解囊肿引起的局部炎症等症状，并不能从根本上消除囊肿。所以不建议单纯依靠药物治疗舌下腺囊肿，还是以手术治疗为主。