舌下腺囊肿主要通过手术治疗。一般来说，手术切除是根治舌下腺囊肿的有效方法，通常在局部麻醉下即可进行手术，手术时间较短，大约30~60分钟左右。
手术治疗方式
袋形术： 对于不能耐受完整舌下腺切除的患儿，可采用袋形术。就是将囊肿切开，让其内壁与口腔黏膜贴合，形成一个开口，使囊液能引流到口腔，但这只是暂时缓解症状的方法，后期还需处理舌下腺。舌下腺切除术： 这是根治的方法。完整切除舌下腺，同时将囊肿一并去除。手术要仔细操作，避免损伤周围的血管和神经，比如舌下神经等。术后需要注意口腔卫生，一般7~10天可拆线。
非手术治疗情况
婴幼儿较小囊肿： 如果是6个月以内的婴幼儿，舌下腺囊肿较小且没有明显症状，可先观察，部分可能会自行消退，但要密切随访，观察囊肿变化情况。如果囊肿有增大趋势，还是需要考虑手术。特殊情况无法手术： 极少数因全身情况差不能耐受手术的患者，可在超声引导下抽取囊液，但这只是暂时缓解，囊液还会再生，后期仍需解决舌下腺的问题。
术后注意事项
饮食方面： 术后1~2天建议吃温凉的流食或半流食，像牛奶、粥等，避免吃辛辣、过热、过硬的食物，防止刺激手术部位，影响伤口愈合。一般术后1周左右可逐渐过渡到正常饮食，但仍要注意清淡。口腔清洁： 术后要保持口腔清洁，每天饭后用淡盐水漱口，可减少口腔细菌感染的机会，促进伤口愈合。可以使用儿童专用的软毛牙刷轻轻刷牙，避免碰到手术区域。复查随访： 术后要按照医生要求定期复查，一般术后1周、1个月、3个月都要复查，观察伤口愈合情况以及有无复发等。如果出现伤口红肿、疼痛加剧、发热等异常情况，要及时就医。