舌下腺囊肿主要治疗方法是手术切除，一般通过手术完整摘除囊肿及舌下腺，能有效降低复发几率，手术通常需要30~60分钟左右。
手术治疗方式
根治性手术： 完整切除舌下腺是根治舌下腺囊肿的关键。因为舌下腺是囊肿的发源地，只有将舌下腺一并切除，才能从根本上解决问题，避免囊肿复发。手术时会在口腔内做切口，将舌下腺完整剥离取出，同时处理囊肿部分。袋形术： 对于一些情况特殊不能耐受完整舌下腺切除手术的患者，可采用袋形术。这种方法是将囊肿切开，使囊肿与口腔相通，形成一个敞开的创口，让囊液能引流到口腔中，暂时缓解症状，但后期复发几率相对较高。
术后注意事项
饮食方面： 术后短期内要吃软食，避免吃坚硬、辛辣、刺激性食物，防止刺激手术创口，影响愈合。一般建议术后1~2天吃流食，如牛奶、豆浆、藕粉等，3~5天可过渡到半流食，如米粥、软面条等，1周左右根据恢复情况逐渐恢复正常饮食，但仍要注意清淡。口腔卫生： 要保持口腔清洁，术后每天要用漱口水漱口，至少3次。漱口水能清除口腔内的食物残渣和细菌，降低创口感染的风险。刷牙时要避开手术区域，防止触碰创口引起出血或疼痛。复诊观察： 术后要按照医生要求按时复诊，一般术后1周、2周、1个月都要去医院复查。医生会检查创口愈合情况，看是否有红肿、感染等异常，若有问题能及时处理。
非手术治疗的局限性
穿刺抽液： 可以用注射器抽出囊肿内的囊液，但这种方法很难根治，因为舌下腺还在，很快又会有囊液分泌积聚形成囊肿，一般只能作为暂时缓解症状的办法，比如在一些紧急情况下，缓解患者局部肿胀等问题，但后续还需要进行手术治疗。药物注射： 目前没有特效药物注射能彻底治愈舌下腺囊肿，而且药物注射可能会引起局部组织反应等不良情况，所以不常规作为舌下腺囊肿的治疗方法，主要还是以手术治疗为主。