孕12周时每天出现褐色分泌物可能是以下原因导致：
1.先兆流产：可能与胚胎发育不良、孕妇内分泌失调、子宫畸形、宫腔粘连等有关。除了褐色分泌物，还可能伴有阵发性下腹部疼痛或腰背痛。如果经过适当的休息和治疗后，症状能够得到缓解，一般不会对胎儿造成太大的影响；但如果症状加重，可能会发展为难免流产。
2.前置胎盘：是导致孕12周出现褐色分泌物的常见原因之一。胎盘附着于子宫下段或覆盖在子宫颈内口处，位置低于胎儿的先露部。主要症状是在妊娠晚期或临产时，发生无诱因的无痛性反复阴道流血。
3.其他：如宫颈息肉、宫颈癌等也可能导致阴道分泌物异常。
如果出现褐色分泌物，建议及时就医，进行相关检查，如超声检查、激素水平测定等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，禁止性生活，保持心情舒畅，按照医生的建议进行产前检查。