双胎输血综合症是双胎妊娠中严重的并发症，若不及时处理，后果较为严重。约有70%-100%的未经治疗的双胎输血综合症胎儿会死亡，存活的胎儿也可能存在神经系统等方面的损伤。
对胎儿生长发育的影响
胎儿体重差异： 患病双胎中，受血儿通常体重会大于正常范围，而供血儿体重往往明显低于正常，两者体重差异可能超过20%。受血儿因为接受过多血液，心脏负担加重，可能出现心脏扩大等情况；供血儿则会因血液不足，生长受限，出现羊水过少等表现。器官发育问题： 供血儿由于血液供应不足，可能影响多个器官的发育。比如肾脏可能因缺血导致功能异常，肺部发育也可能受到影响，出生后发生呼吸窘迫等问题的风险增加。而受血儿过多的血液供应可能引发心脏等器官的过度负荷，后期出现心血管系统相关疾病的几率也会升高。
对出生后健康的影响
神经系统损伤： 供血儿在宫内长期处于缺血缺氧状态，可能导致神经系统发育受损。出生后可能出现智力发育迟缓、运动功能障碍等问题。有研究表明，约30%-50%的双胎输血综合症存活儿存在不同程度的神经系统后遗症，如认知能力下降、脑瘫等。受血儿虽然在宫内血液供应充足，但也可能因为循环系统的过度负荷，出生后出现高血压等问题，进而影响神经系统的长期健康。呼吸系统疾病： 供血儿因为肺部发育受影响，出生后更容易发生呼吸窘迫综合征。受血儿由于心脏负担重，出生后可能较早出现心力衰竭相关表现，也会影响呼吸功能，导致呼吸相关的并发症增加。
对孕妇的不良影响
孕妇并发症风险增加： 双胎输血综合症会使孕妇发生早产的风险大幅升高，约70%的患者会在孕期32周前分娩。早产可能引发孕妇产后出血等并发症，因为子宫在产后需要收缩来止血，早产的子宫收缩力可能不如足月儿的子宫，导致产后出血几率增加。同时，孕妇在孕期还可能出现妊娠期高血压疾病，发病率比正常双胎妊娠高很多，严重时可能危及孕妇生命。