做胃镜一般来说风险较低，但也可能存在一些潜在危害。总体而言，正规操作下胃镜检查的危害发生概率较低，大约在1%以下，但仍需了解相关情况。
检查过程中的不适
咽部不适： 在做胃镜时，内镜通过咽部可能会引起恶心、呕吐等不适感觉，有些人会觉得咽部有异物感，不过这种不适通常在检查结束后很快就会缓解。短暂的腹痛腹胀： 胃镜进入胃部时，可能会导致短暂的腹痛、腹胀，尤其是对于那些胃部比较敏感的人来说，不过大部分人在检查后短时间内就能恢复。
可能的并发症
出血： 虽然发生概率很低，但极少数情况下，胃镜检查可能会导致胃黏膜或食管黏膜的轻微损伤出血，一般出血量很少，通过相应处理就能止住。穿孔： 更为罕见的是，可能会出现胃或食管的穿孔，但这种情况多发生在本身就有严重病变（如消化道肿瘤、严重溃疡等）的患者身上，正规操作下发生概率极低。
特殊人群需注意
老年人： 老年人做胃镜时要更加谨慎，因为老年人可能存在心肺功能相对较弱等情况，检查前需要对心肺功能等进行评估，确保能够耐受检查过程。高血压患者： 高血压患者做胃镜前要将血压控制在相对稳定的状态，因为检查过程中的紧张等可能会导致血压波动，如果血压过高可能会有一定风险，检查时医生也会密切关注血压情况。