功能性消化不良可根据具体情况选择不同药物，常见的有促胃肠动力药、抑酸剂等。
促胃肠动力药
适用于以腹胀、早饱等症状为主的患者。比如多潘立酮，它能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解消化不良引起的不适。但对于孕妇、哺乳期女性等特殊人群需谨慎使用，因为可能存在潜在风险。
抑酸剂
对于有明显反酸、烧心等症状的患者适用。像质子泵抑制剂，如奥美拉唑，能抑制胃酸分泌，减轻胃酸对胃黏膜的刺激，从而改善消化不良症状。不过，长期使用可能会影响某些营养物质的吸收，老年人等特殊人群使用时需密切关注身体状况。
助消化药
当患者存在消化不良、食欲不佳等情况时可考虑。例如复方消化酶制剂，它含有多种消化酶，能帮助消化食物，促进营养物质的吸收。但对于对其中某些成分过敏的人群则不宜使用。
抗抑郁焦虑药
若患者同时伴有明显的焦虑、抑郁情绪且消化不良症状与之相关，可使用。如三环类抗抑郁药等，但这类药物可能会有一些副作用，如嗜睡、口干等，在特殊人群如老年人、肝肾功能不全者中使用需格外谨慎，必须在医生指导下权衡利弊后使用。