功能性消化不良可以使用抑酸剂、促胃肠动力药等药物来缓解症状。一般来说，常用的抑酸剂有质子泵抑制剂，如奥美拉唑等，能减少胃酸分泌，通常起效较快。
抑酸剂类药物
质子泵抑制剂： 像奥美拉唑，通过抑制胃壁细胞上的质子泵，从而减少胃酸分泌，可有效缓解因胃酸过多引起的消化不良症状，比如烧心、反酸等情况。H₂受体拮抗剂： 例如雷尼替丁，能竞争性抑制组胺与胃壁细胞上的H₂受体结合，减少胃酸分泌，对缓解功能性消化不良相关的不适有一定作用，但相对质子泵抑制剂起效可能稍慢一些。
促胃肠动力药
多巴胺受体拮抗剂： 多潘立酮是比较常用的，它能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状，一般建议在饭前15 - 30分钟服用。5 - 羟色胺受体激动剂： 比如莫沙必利，可通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5 - HT₄受体，促进乙酰胆碱释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良患者的胃肠动力障碍。
助消化药
酶制剂： 复方消化酶含有多种消化酶，如淀粉酶、胃蛋白酶、胰酶等，能促进食物消化，帮助改善消化不良引起的腹胀、食欲不佳等情况，可在饭后服用。乳酸菌素片： 它能在肠道形成保护层，阻止病原菌、病毒的侵袭，还能刺激肠道分泌抗体，提高肠道免疫力，并且可以促进胃液分泌，增强消化功能，适用于消化不良伴有肠道菌群失调的患者。
调节精神心理的药物
如果功能性消化不良与精神心理因素密切相关，比如存在焦虑、抑郁等情况，可能会用到抗抑郁、抗焦虑药物。但这类药物一般是在其他治疗效果不佳且精神心理因素明显时，由医生根据具体情况谨慎使用，像氟哌噻吨美利曲辛片等，不过使用时需密切关注药物的不良反应及患者的反应。