根据你提供的信息，可能的原因和解决方法如下：
1.腹部肌肉拉伤：如果在跑步前没有进行充分的热身运动，或者跑步姿势不正确，可能会导致腹部肌肉拉伤，从而引起疼痛。建议在跑步前进行充分的热身运动，如慢跑、拉伸等，同时注意跑步姿势，保持身体平衡，避免过度用力。如果疼痛较为严重，可以在医生的指导下使用止痛药物，如布洛芬等。
2.腹部疝气：如果腹部存在疝气，在跑步时可能会因为腹部肌肉的收缩而导致疝气发作，从而引起疼痛。建议及时就医，进行相关检查，如B超等，以确定是否存在疝气。如果确诊为疝气，需要在医生的指导下进行治疗，如手术等。
3.腹部器官疾病：如果腹部存在其他疾病，如胆囊炎、阑尾炎等，在跑步时也可能会因为腹部肌肉的收缩而导致疼痛加剧。建议及时就医，进行相关检查，如血常规、B超等，以确定是否存在腹部器官疾病。如果确诊为腹部器官疾病，需要在医生的指导下进行治疗，如药物治疗、手术治疗等。
总之，如果在跑步时出现腹部两侧和跳动时疼痛的情况，建议及时就医，进行相关检查，以确定病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在日常生活中，要注意保持良好的生活习惯，如合理饮食、适量运动等，以预防疾病的发生。