萎缩性胃炎的治疗药物需根据具体情况选择，常用的有胃黏膜保护剂，如硫糖铝混悬凝胶，它能在胃内形成保护膜，覆盖在胃黏膜表面，减少胃酸、胆汁等对胃黏膜的刺激，一般可以长期服用，但具体还需遵医嘱；还有抑酸剂，像奥美拉唑肠溶胶囊，可抑制胃酸分泌，通常疗程可能在4-8周左右，能有效缓解因胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状。
胃黏膜保护剂类药物
硫糖铝混悬凝胶： 它通过附着在胃黏膜上，阻止胃酸、胃蛋白酶等对黏膜的损伤，适用于大多数萎缩性胃炎患者，但对本品过敏者禁用。枸橼酸铋钾： 能在胃内形成保护膜，还可杀灭幽门螺杆菌，不过严重肾功能不全者禁用，而且服用后可能会出现大便发黑的情况，这是正常现象。
抑酸剂类药物
奥美拉唑肠溶胶囊： 属于质子泵抑制剂，抑制胃酸分泌作用较强，一般服用后1-2小时起效，对于胃酸分泌过多导致的萎缩性胃炎症状缓解效果较好，但孕妇、哺乳期妇女慎用。兰索拉唑肠溶片： 同样是抑制胃酸的药物，作用机制与奥美拉唑类似，疗程一般也是4-8周，肝功能不全者需慎用。
促胃肠动力类药物
多潘立酮片： 可以促进胃肠道蠕动，帮助消化，缓解萎缩性胃炎患者可能出现的腹胀、早饱等症状，但是心律失常者、接受化疗的肿瘤患者等应避免使用，而且不宜与酮康唑口服制剂、红霉素等合用。莫沙必利片： 也是促进胃肠动力的药物，相比多潘立酮，对心血管系统的影响较小，不过腹泻、腹痛等患者使用时需谨慎。
针对幽门螺杆菌的药物
如果萎缩性胃炎合并幽门螺杆菌感染，常需要联合用药，比如质子泵抑制剂（如奥美拉唑）+铋剂（如枸橼酸铋钾）+两种抗生素（如阿莫西林、克拉霉素）。一般抗生素的使用疗程通常是10-14天，阿莫西林过敏者不能使用，克拉霉素可能会引起胃肠道不适等不良反应。