肛瘘主要症状表现为肛周反复流脓、肿痛等。一般来说，肛瘘患者肛周会有持续或间断的流脓现象，脓液量多少不定，有时较稀薄，有时可呈脓性、血性。
肛周流脓情况
间歇性流脓：多数肛瘘会出现间歇性流脓的情况，在发作期流脓量较多，脓液可刺激肛周皮肤，引起瘙痒不适。比如有的患者每隔一段时间就会有脓液流出，影响日常生活。脓性分泌物：流出的脓液通常是脓性的，颜色可能为黄色、白色等，有时还会伴有臭味。
疼痛表现
周期性疼痛：当肛瘘内口感染，脓液排出不畅时，会出现疼痛。疼痛程度不一，一般呈胀痛或跳痛，且有一定的周期性。比如有的患者在脓液积聚时疼痛明显，当脓液排出后疼痛会暂时缓解，但之后又会再次发作。疼痛与排便相关：排便时由于粪便通过肛管，会刺激肛瘘的创面，导致疼痛加剧。患者在排便过程中会感觉到肛周疼痛明显，甚至影响正常排便。
瘙痒症状
肛周瘙痒：由于肛瘘不断流出脓液，刺激肛周皮肤，会引起肛周瘙痒。患者会不自觉地搔抓肛周皮肤，长期搔抓可能会导致皮肤破损、感染加重等情况。而且这种瘙痒感比较顽固，难以缓解。比如很多肛瘘患者都会有肛周瘙痒的困扰，严重影响生活质量。