肛瘘主要症状有肛周反复流脓，大概有40% - 50%的肛瘘患者会出现这种情况，脓液多少与瘘管长短、多少有关，新生成的瘘管流脓较多，脓液黏稠、黄色、有臭味；还有疼痛，当瘘管通畅时一般疼痛不明显，若脓液排出不畅，会感觉局部肿胀疼痛，尤其在排便时疼痛加重；另外还会有瘙痒症状，由于脓液不断刺激肛周皮肤，患者会觉得肛周瘙痒，皮肤可出现湿疹样改变。
流脓情况特点
不同瘘管的脓液表现： 单纯性肛瘘流脓相对较有规律，间歇性发作；复杂性肛瘘流脓量较多，有时还会排出粪便或气体。脓液颜色与质地： 初期脓液一般呈黄色、稠厚状，有臭味；时间较长的肛瘘，脓液可能变得稀薄、呈淡红色。
疼痛的具体表现
排便时的疼痛： 排便时粪便通过肛管，会刺激肛瘘的瘘管，导致肛门部位出现疼痛，这种疼痛一般持续数分钟到数小时不等。静止时的疼痛： 在安静状态下，部分肛瘘患者也会感到肛门周围隐隐作痛，尤其是瘘管炎症较重时。
瘙痒的相关情况
瘙痒程度差异： 轻度肛瘘患者可能只是肛周有轻微的瘙痒感，而严重的肛瘘患者瘙痒非常剧烈，会严重影响日常生活和睡眠。皮肤改变： 长期受脓液刺激，肛周皮肤会出现色素沉着、增厚，皮肤纹理变粗，甚至出现皲裂等情况。