肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，主要症状有：
1.肛门周围脓肿：这是肛瘘的首发症状，通常会在肛门周围形成一个肿块，伴有疼痛、红肿和发热等症状。
2.疼痛：肛瘘患者在瘘管未形成时，疼痛不明显；当瘘管通畅时，一般只有轻微的肛门部不适，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液引流出去后疼痛就会减轻；当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，患者就会疼痛剧烈，坐卧不宁，行动不便，还可伴有体温升高、食欲不振等全身症状。
3.瘙痒：由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。
4.全身症状：在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。