小孩子指甲凹凸不平的原因主要有以下几种：
一、营养不良。如果小孩子存在挑食、偏食的情况，就容易导致营养物质摄入不足，进而造成身体营养不良。当这种营养不良累及指甲时，就会使指甲出现营养不良的状况，表现为甲板变薄或出现甲横纹、凹凸不平的小点等。
1.营养摄入不足：比如孩子对某些食物不感兴趣，长期不吃某些种类的食物，就可能使身体缺乏必要的营养成分。
2.营养不均衡：可能过度偏爱某一类食物，而其他重要营养的食物摄入过少。
二、真菌感染。若小孩平时不注重手部卫生护理而引发真菌感染，因疾病影响会导致指甲变黄、增厚、变色、翘起以及表面凹凸不平。
1.卫生习惯不良：不勤洗手，或洗手不彻底等。
2.接触感染源：可能接触到了被真菌污染的物品等。
三、外伤。如果小孩的手不慎受到外伤，像是被门缝挤压或者被石头砸伤等，这样会损伤到指甲，导致甲床受损，从而出现指甲凹凸不平的现象。
当发现小孩指甲凹凸不平时，要做好局部卫生护理工作。同时要调整饮食结构，多让孩子摄入富含维生素以及蛋白质的食物。必要时需带小孩去医院进行详细检查，以明确是否存在疾病因素。总之，要关注孩子指甲的状况，及时发现问题并采取合适的措施。