跑步导致肾疼主要有肾脏原因和肾外原因这两方面。
一、肾脏原因：
1.肾下垂：肾下垂是跑步时出现肾脏疼痛的一个关键原因，尤其是体型瘦长的患者或处于生长期发育较快的青少年。这类患者在进行剧烈运动如跑步、打篮球等时，可能引发肾区疼痛，休息后通常可缓解。可通过CT或超声检查来明确诊断。
2.肾结石：结石形成后会在局部移动，患者跑步时若结石移动幅度较大，刺激到肾盂或输尿管，就会导致跑步肾疼，可通过肾脏超声诊断。
3.囊肿破裂：囊肿破裂会引起肾区疼痛，一般情况下肾囊肿不易破裂，但如果患者经常进行剧烈运动，可能导致囊肿破裂从而出现跑步后肾疼的情况。
4.肾盂肾炎：患有肾盂肾炎时，炎症因子会反复刺激局部组织而引起肾区疼痛，跑步会加重炎症因子对组织的刺激，致使疼痛加剧。
二、肾外原因：若运动量过大，如跑步、打篮球、打羽毛球等，导致肾区部位的肌肉扭伤或筋膜本身出现病变，患者跑步时就会出现肾区疼痛的症状，此时多数患者不会有肾区叩击痛。
如果出现跑步肾疼的情况，应及时到医院就诊，由医生通过检查明确原因并进行针对性治疗。切不可自行盲目使用止痛药物，以免掩盖病情导致疾病加重。另外，在治疗期间要注意休息，避免做弯腰动作或其他重体力劳动。
总之，跑步肾疼的原因多样，要准确判断并妥善处理。