跑步时膝盖内侧疼，主要有以下两方面原因：
一、半月板损伤：若半月板出现损伤，在跑步过程中会使膝盖内部产生摩擦，进而致使半月板损伤症状加重，就很可能出现疼痛状况，同时还伴有关节肿胀、关节弹响等表现。比如，半月板受损后，其原本的结构和功能被破坏，当进行跑步等活动时，受损部位之间的摩擦会加剧，引发更明显的疼痛；而且这种损伤往往会导致关节内出现炎症反应，引起肿胀等症状。
二、膝关节炎：如果患有膝关节炎，炎症可能会对关节软骨形成刺激，导致关节软骨增生，于是会出现膝关节疼痛、肿胀等现象，而在跑步时膝关节会进一步受到摩擦，也就有可能出现膝盖内侧疼的症状。具体来说，膝关节炎的存在会使关节软骨发生退变，在炎症刺激下软骨增生会更为突出；当进行跑步这类活动时，会加重对膝关节的刺激和损伤，使得疼痛等不适表现更为明显。
总之，跑步时膝盖内侧疼可能是半月板损伤或膝关节炎导致，需根据具体情况进行诊断和治疗。