指甲发黄的主要原因有多种。比如，真菌感染是常见原因之一，约有超过半数的指甲发黄是由灰指甲（甲癣）导致，这是皮肤癣菌等真菌侵犯甲板或甲下所引起的病变。
一、真菌感染因素
甲癣引发： 皮肤癣菌等真菌入侵指甲后，会破坏指甲的正常结构和颜色，使得指甲逐渐发黄、增厚、变形等。真菌喜欢温暖潮湿的环境，比如长期穿不透气的鞋子、脚部多汗的人就更容易感染真菌出现指甲发黄情况。其他真菌： 除了皮肤癣菌，酵母菌等其他真菌也可能引起指甲发黄。不过相对来说，皮肤癣菌导致的指甲发黄更为多见。
二、疾病相关因素
黄疸性疾病： 当患有黄疸时，体内胆红素水平升高，会使指甲发黄。例如肝细胞性黄疸、阻塞性黄疸等，除了指甲发黄外，还会伴有皮肤、巩膜黄染，同时可能有乏力、食欲减退等症状。一般这种情况需要及时就医检查肝功能等相关指标来明确诊断。甲状腺功能减退： 甲状腺功能减退患者由于代谢减慢，也可能出现指甲发黄的表现。同时还可能伴有怕冷、乏力、反应迟钝、体重增加等症状。通过检测甲状腺功能可以辅助诊断是否为甲状腺功能减退引起的指甲发黄。
三、外部因素影响
长期接触染色物质： 如果长期接触某些染色性较强的物质，也可能导致指甲发黄。比如经常接触染发剂、机油等，这些物质中的色素会附着在指甲上，使指甲颜色改变发黄。一般停止接触相关物质后，指甲发黄情况可能会有所改善，但恢复需要一定时间。不良生活习惯： 长期吸烟的人，香烟中的焦油等物质会沉积在指甲上，导致指甲发黄。据统计，长期吸烟人群中指甲发黄的比例明显高于不吸烟人群。另外，长期不注意指甲清洁，污垢堆积也可能让指甲看起来发黄。