肠结核患者常见的症状有腹痛，多位于右下腹，约有一半的患者会出现，疼痛性质多样，可为隐痛或钝痛，有时在进食后会加重，还常伴有排便异常，比如腹泻与便秘交替出现，腹泻是因为肠道功能紊乱，每天排便次数可能在数次到十余次不等，粪便多呈糊状，无脓血。
全身症状表现
部分患者会有全身症状，比如发热，多为午后低热，体温一般在37.5℃~38℃左右，还可能伴有盗汗，夜间睡眠时出汗较多，有的患者会感到乏力、消瘦，体重会逐渐下降，这是因为结核杆菌感染后机体处于消耗状态。
腹部体征情况
腹部检查时可能会有腹部压痛，右下腹比较常见。有的患者还能摸到腹部肿块，多见于增生型肠结核，肿块质地中等，比较固定，伴有轻度或中度压痛。
其他表现
女性患者可能会出现月经不调等情况，这与结核杆菌感染引起的机体内分泌及免疫功能紊乱有关。如果是溃疡型肠结核，还可能有结核毒血症的表现，如精神萎靡等。而且肠结核患者还可能合并其他部位结核的表现，比如肺结核时会有咳嗽、咳痰等症状。