肠结核患者的症状表现多样，一般来说，约有1/3的患者会出现腹痛症状，多位于右下腹，疼痛性质常为隐痛或钝痛，有时在进餐时会诱发，还可能伴有便意，排便后疼痛可有所缓解。
消化道症状表现
腹痛表现： 除了右下腹疼痛，部分患者疼痛也可出现在脐周，疼痛程度轻重不一，一般为隐痛或钝痛。有些患者可能会在进食后出现疼痛加重，这是因为进食会引起胃肠蠕动增加或诱发痉挛。腹泻与便秘交替： 这是肠结核比较常见的消化道症状。在疾病早期，肠道功能紊乱，可能以腹泻为主，粪便多呈糊状，一般无脓血，每天排便次数大概2 - 4次不等；随着病情进展，部分患者会出现便秘，与腹泻交替出现，这是因为病变影响了肠道的正常蠕动和吸收功能。
全身症状表现
发热： 多数患者会有低热或中度发热，午后较为明显，体温一般在37.5℃ - 38.5℃之间。有些患者还可能伴有盗汗，夜间睡眠时出汗较多，醒来后汗止。乏力、消瘦： 由于结核杆菌感染是慢性消耗性过程，患者会出现全身乏力的情况，身体逐渐消瘦，体重可能会在数月内下降5 - 10公斤甚至更多，同时还可能伴有食欲不振、贫血等表现。
腹部体征表现
腹部压痛： 右下腹常有固定的压痛，按压时疼痛比较明显，但一般没有反跳痛，这是因为肠结核病变主要累及回盲部等部位，炎症刺激局部神经导致压痛。腹部肿块： 约有10% - 20%的患者可触及腹部肿块，多位于右下腹，质地中等，比较固定，伴有轻至中度压痛。肿块形成的原因是肠粘连、肠壁增厚以及周围组织粘连等。