慢性疲劳综合症主要表现为长期极度疲劳，这种疲劳持续至少6个月以上。
身体方面的症状
肌肉与关节症状： 患者常出现全身肌肉疼痛，比如背部、颈部等部位的肌肉容易酸痛，而且关节也可能会有疼痛、僵硬感，活动时这种不适可能会加重。部分患者还会有关节肿胀的情况，但一般不伴有关节红肿热的典型炎症表现。消化系统症状： 会有食欲减退的现象，很多患者吃东西没有胃口，不想吃饭。还可能出现腹胀、腹泻或者便秘等胃肠功能紊乱的情况，比如有的患者会经常拉肚子，而有的则长时间便秘。
神经系统症状
睡眠障碍： 难以入睡或者睡眠质量很差，即使睡了很长时间，醒来后还是感觉没有休息好。有的患者会出现多梦的情况，夜间频繁醒来，导致白天精神更加疲惫。认知功能问题： 存在记忆力减退的状况，患者可能会经常忘记刚刚发生的事情，比如刚见过的人名字、刚做过的事等。注意力也难以集中，在工作或者学习时容易分心，影响正常的思维和反应能力。
精神心理症状
情绪异常： 容易出现焦虑、抑郁的情绪，心情常常处于低落状态，对很多事情提不起兴趣。有的患者会经常感到烦躁不安，一点小事就可能引发情绪波动。疲劳感持续存在： 这种疲劳感和普通的劳累不同，即使经过充分休息，疲劳也不会明显缓解。患者整天都感觉浑身没劲儿，即使只是简单的日常活动，像走路、穿衣等都会觉得非常吃力，严重影响日常生活和工作。