早上起床刷牙时恶心干呕，可能是正常生理现象，也可能由胃食管反流、胆汁反流胃炎等疾病引发。对此可按医嘱口服药物或进行手术治疗。具体如下：
一、正常生理现象：可能是刷牙时过度深入咽部、牙膏泡沫过多，或者处于怀孕早期等，这些都可能导致早上起床刷牙出现恶心干呕情况，这属于正常生理现象，通常无需治疗。
二、胃食管反流：主要源于抗反流屏障结构与功能异常、食管清除作用降低等。会使患者出现胃食管反流，从而有早上起床刷牙时恶心干呕现象。患者可在医生指导下使用抑酸药物治疗，比如：
1.奥美拉唑：可抑制胃酸分泌，改善症状。
2.兰索拉唑：能减少胃酸对食管的刺激。
三、胆汁反流胃炎：多与幽门结构异常、胆系疾病等因素有关，会导致胆汁异常反流进入胃内，破坏胃黏膜屏障，进而使患者在早上起床刷牙时出现恶心干呕现象。对于症状严重且药物治疗无效的胆汁反流性胃炎患者，可采取手术方法进行治疗，例如：
1.胆道分流术：能调整胆汁流向。
2.开腹手术：直接处理相关问题。
总之，当患者因疾病因素导致早上起床刷牙时恶心干呕，建议及时进行相关检查和治疗，使用药物需严格遵循医嘱。