前列腺囊肿通常是由多种因素引起的。一般来说，先天性因素是其中一个原因，比如中肾导管与中肾旁管发育异常，管腔部分扩张就可能形成囊肿。还有一种是后天性因素，像前列腺腺泡梗阻，例如前列腺慢性炎症会使腺泡发生梗阻，分泌物潴留从而形成囊肿。另外，寄生虫感染也可能导致前列腺囊肿，比如寄生虫能引起前列腺管及周围发生慢性炎症，进而形成囊肿。
先天性因素导致
中肾导管异常：胚胎发育过程中，中肾导管如果出现异常发育，就可能引发前列腺囊肿。这种情况从胚胎时期就开始存在相关的发育问题，导致导管结构和功能出现偏差，进而有形成囊肿的可能。中肾旁管异常：中肾旁管在发育时要是出现异常，也会参与到前列腺囊肿的形成过程中。它的部分扩张等异常情况，会为囊肿的产生创造条件。
后天性因素导致
前列腺腺泡梗阻：前列腺慢性炎症是常见的导致腺泡梗阻的原因。当发生慢性炎症时，前列腺腺泡的开口会受到影响，出现梗阻情况，使得分泌物无法正常排出，长时间潴留就会形成囊肿。比如一些男性长期受到前列腺慢性炎症困扰，就有较大几率出现这种情况。其他后天损伤： 还有一些后天的损伤等情况也可能间接导致前列腺囊肿，但相对来说不如炎症引起的腺泡梗阻常见。比如前列腺部位受到外伤等情况，如果没有得到妥善处理，也可能对前列腺的正常结构和功能产生影响，增加囊肿形成的风险。
寄生虫感染导致
寄生虫引发炎症：某些寄生虫感染人体后，会引起前列腺管及周围组织发生慢性炎症。寄生虫在前列腺部位寄生繁殖，会刺激周围组织，导致炎症反应持续存在，进而影响前列腺管的正常功能，使得分泌物排出受阻，最终形成囊肿。例如一些泌尿系统寄生虫感染就可能波及前列腺，引发相关病变。