病毒性脑炎可由多种病毒引起，其中肠道病毒最为常见，约占病毒性脑炎病因的1/3。比如柯萨奇病毒和埃可病毒，它们常通过消化道传播，在夏秋季高发。
疱疹病毒相关
单纯疱疹病毒：这是导致散发性病毒性脑炎较常见的病因。它可分为1型和2型，1型多引起成人的病毒性脑炎，常累及颞叶等部位。水痘 - 带状疱疹病毒：在免疫力低下的人群中，水痘 - 带状疱疹病毒可重新激活引发脑炎，不过相对来说发病率低于肠道病毒和单纯疱疹病毒。
虫媒病毒相关
乙脑病毒：主要通过蚊虫叮咬传播，在我国夏秋季流行，儿童感染后发病风险相对较高，曾在一些地区造成过较大规模的病毒性脑炎疫情。登革病毒：也属于虫媒病毒，通过伊蚊叮咬传播，感染后少数人可能发展为病毒性脑炎，但在我国相对乙脑病毒引发的脑炎来说，发病率较低。
其他病毒相关
腮腺炎病毒：除了引起腮腺肿胀的腮腺炎外，也可能导致病毒性脑炎，一般在腮腺炎发病后的一周左右出现神经系统症状，儿童患腮腺炎合并脑炎的情况并不少见。风疹病毒：孕妇感染风疹病毒可能会通过胎盘传染给胎儿，导致胎儿出现先天性风疹综合征，其中就包括病毒性脑炎等神经系统损害，但这种情况相对较少见。