小便的时候疼，通常是由泌尿系统相关问题引起的。比如尿道炎，女性发病率相对较高，大约有30%的女性在一生中会至少发生一次尿道炎。
尿道炎导致小便疼
淋菌性尿道炎：由淋病奈瑟菌感染引起，主要通过性接触传播。除了小便疼痛，还可能出现尿道脓性分泌物，晨起时尿道口有糊口现象。非淋菌性尿道炎：多由衣原体、支原体感染所致，症状相对淋菌性尿道炎较轻，小便多为刺痛或灼热感，尿道分泌物一般为稀薄的黏液性。
膀胱炎引发小便疼
急性膀胱炎：常见于女性，主要表现为尿频、尿急、尿痛，还可能伴有耻骨上膀胱区疼痛或压痛，有时会出现血尿。一般起病较急，短时间内症状较为明显。慢性膀胱炎：多由急性膀胱炎迁延不愈而来，症状相对较轻，可能有长期反复的小便疼、尿频等表现，病情容易反复发作。
泌尿系统结石造成小便疼
肾结石：如果结石移动到输尿管下端，可能会引起下腹部及会阴部放射痛，同时伴有小便疼，还可能出现血尿，疼痛往往比较剧烈，呈绞痛样。膀胱结石：主要症状是排尿突然中断，伴尿道疼痛，改变体位后又能继续排尿，小便疼也是其常见表现之一，疼痛可放射至阴茎头部。