肛门里面肠子痛可能由多种原因引起，比如肠道炎症性疾病，像溃疡性结肠炎，这种疾病可能会导致肠道黏膜出现炎症、溃疡，从而引起肛门里面肠子疼痛，病程可能较长，有的患者会反复发作。
肠道炎症性疾病相关
溃疡性结肠炎： 除了肛门里面肠子痛，还可能伴有腹泻、黏液脓血便等症状，病情轻重不一，有的患者腹泻次数可能达到每日数次到十余次不等。克罗恩病： 也会出现肛门里面肠子痛的情况，还可能有腹痛、腹部包块、瘘管形成等表现，病程相对较长，容易迁延不愈。
肠道寄生虫感染
蛔虫感染： 当肠道内有蛔虫寄生时，蛔虫在肠道内活动可能会刺激肠道，引起肛门里面肠子痛，同时可能伴有消化不良、食欲不振等症状。绦虫感染： 绦虫在肠道内寄生，也可能导致肠道不适，出现肛门里面肠子痛的现象，部分患者可能会在粪便中发现白色节片。
肠道肿瘤性病变
结肠癌： 早期可能症状不明显，随着病情进展，可能会出现肛门里面肠子痛，还可能伴有便血、大便习惯改变（如便秘与腹泻交替）、消瘦等表现。直肠肿瘤： 也会引起肛门里面肠子痛，可能有排便不尽感、大便变形、便血等症状，直肠肿瘤的发生与多种因素有关，如遗传、长期不良的饮食习惯等。
肠道梗阻
机械性肠梗阻： 比如肠道内有肠粘连、肠扭转等情况，会导致肠道内容物通过障碍，引起肛门里面肠子痛，同时伴有呕吐、停止排气排便等症状。动力性肠梗阻： 如腹部手术、腹膜炎等原因引起的肠麻痹，也可能出现肛门里面肠子痛，患者可能有腹胀等表现。