巨细胞病毒感染后的症状表现因感染人群不同而有所差异。对于健康成年人，多数初次感染巨细胞病毒时可能没有明显症状，约有1/3的人会出现类似单核细胞增多症的表现，如发热、乏力、咽痛、淋巴结肿大等，这种情况一般持续数周可自行缓解。
婴幼儿感染的症状
先天性感染： 婴儿在子宫内感染巨细胞病毒，可能出现生长受限、肝脾肿大、黄疸（皮肤和巩膜发黄）、血小板减少性紫癜（皮肤出现瘀点瘀斑）等症状。严重的先天性感染还可能导致神经系统损伤，如小头畸形、智力发育迟缓等。围生期感染： 婴儿通过产道或母乳感染巨细胞病毒，多数症状不明显，部分可能出现肺炎，表现为咳嗽、气促等；也有少数会有肝脾肿大、轻度肝功能异常等情况。
免疫功能低下人群的症状
艾滋病患者： 当艾滋病患者的CD4+T淋巴细胞计数非常低时，巨细胞病毒感染可引起多系统病变。常见的有巨细胞病毒性视网膜炎，导致视力下降、视野缺损，严重时可致失明；还可能出现胃肠道感染，表现为腹痛、腹泻、便血等；肺部感染则会有咳嗽、呼吸困难、发热等症状。器官移植受者： 器官移植后由于长期使用免疫抑制剂，机体免疫功能受抑制，巨细胞病毒容易重新激活并引起感染。可出现发热、肺炎（咳嗽、咳痰、胸闷等）、肝炎（乏力、食欲减退、黄疸等）等表现，严重影响移植器官的功能和患者的预后。
成年人初次感染的非典型症状
有些健康成年人初次感染巨细胞病毒时，可能症状很轻微，容易被忽视。比如仅有轻微的乏力、肌肉酸痛，持续时间较短，可能持续1 - 2周就自行缓解。还有部分人可能出现轻度的肝功能异常，如转氨酶轻度升高，但没有明显的临床不适，通过血液检查才发现巨细胞病毒感染。